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Biochimie :
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Première année de médecine Biochimie Riad Benchoucha Ce document est distribué gratuitement 21 octobre 2011 A LTEX Avant propos Ce modeste ouvrage, conçu comme un recueil de plusieurs livres de références, a pour objectif de présenter les bases de la biochimie structurale aux étudiants de première année de médecine, ainsi qu’à tous ceux qui dans d’autres disciplines, s’intéressent à cette science. C’est en constatant le manque de livres au niveau de notre université, que j’ai décidé d’apporter ma contribution. Tout au long de sa réalisation, j’ai été guidé par le souci de m’adresser à un large public et de présenter les informations de la manière la plus simple et didactique que possible. Je serais bien évidement heureux que les lecteurs me fassent part de leurs suggestions et critiques afin que je puisse améliorer et parfaire cet ouvrage. Je reste pour cela joignable par e-mail (riad47@gmail.com). Riad BENCHOUCHA Étudiant en médecine I Introduction à l’étude de la biochimie La biochimie est, selon l’encyclopédie libre Wikipédia, la discipline scientifique qui étudie les réactions chimiques ayant lieu au sein des cellules. La biologie structurale étudie la composition atomique précise des molécules biologiques (lipides, protéines, glucides, acides nucléiques, etc.), la façon dont ses atomes s’assemblent et la structure tridimensionnelle qui en résulte. La biologie métabolique étudie les différentes voies métaboliques de la cellule, c’est-à-dire toutes les réactions chimiques qui assurent la synthèse des molécules du vivant (anabolisme) ou leur destruction, productrice d’énergie (catabolisme) qui se déroulent de manière ininterrompue dans la cellule, sous le contrôle d’enzymes. L’enzymologie est la branche de la biochimie qui étudie les enzymes, leurs structures et leurs activités. III IV Définitions Hydrophile : un composé est dit hydrophile (littéralement : qui a de l’affinité pour l’eau) quand il est attiré, et tend à être dissous par l’eau et les solvants polaires. Un composé hydrophile est typiquement polaire. Cela lui permet de créer des liaisons hydrogène avec l’eau ou un solvant polaire [1]. Hydrophobe : un composé est dit hydrophobe quand il est repoussé par l’eau, il est donc insoluble dans l’eau. Il n’a pas la capacité de créer des liaisons hydrogène avec les molécules d’eau. Il est aussi souvent apolaire, ou de faible polarité. À quelques exceptions, les molécules hydrophobes sont lipophiles [2]. Lipophile : se réfère à la capacité d’un composé chimique à se dissoudre dans les graisses, les huiles, les lipides et les solvants non polaires. Corps gras : un corps gras est une substance composée de molécules ayant des propriétés hydrophobes [3]. Amphiphile : une espèce chimique (que ce soit une molécule ou un ion) est dite amphiphile ou bien amphipathique lorsqu’elle possède à la fois un groupe hydrophile et un groupe hydrophobe. Les savons sont basés sur cette propriété. La partie lipophile fixe les molécules organiques que l’eau seule ne peut retirer, tandis que la partie hydrophile est emportée par l’eau [4]. Hydrocarbure : un hydrocarbure est un composé organique contenant exclusivement des atomes de carbone (C) et d’hydrogène (H) [5]. Composé aromatique : un composé aromatique est un composé chimique qui contient un système cyclique respectant la règle d’aromaticité de Hückel (voir cours de chimie organique). Le benzène est le plus simple hydrocarbure aromatique possible [6]. Composé aliphatique : un composé aliphatique est un composé carboné acyclique ou cyclique, saturé ou insaturé, à l’exclusion des composés aromatiques [7]. Chapitre Dans ce chapitre 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 Les acides gras Les éicosanoïdes Les alcools présents dans les lipides Les lipides simples Les lipides complexes Les lipides polyisopréniques (lipides insaponifiables) Les lipoprotéines Les fonctions biologiques des lipides 1 Les lipides Les lipides constituent la matière grasse des êtres vivants. Ils ne correspondent pas à une catégorie de molécules parfaitement définie chimiquement et forment donc un groupe très hétérogène de composés. Comme il est difficile de les définir à partir de leur structure, on le fait par leurs propriétés physiques : ces molécules sont caractérisées par leur hydrophobicité, elles ne sont pas solubles dans les solvants polaires comme l’eau, mais le sont dans les solvants organiques apolaires tels que l’éther ou le chloroforme. Les lipides peuvent se présenter à l’état solide, comme dans les cires et les graisses, ou liquide, comme dans les huiles. 1 2 Les lipides 1.1
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